Toàn huyện có 4 trường cấp 3 đang hoạt động và 1 trường cấp 3 ngừng hoạt động:

THPT Nguyễn Khuyến (Thị trấn Phú Hòa)

THPT Bán Công Phú Hòa (Thị trấn Phú Hòa- Ngừng hoạt động)

THPT Vĩnh Trạch (Xã Vĩnh Trạch)

THPT Nguyễn Văn Thoại (Thị trấn Núi Sập)

THPT Vọng thê (Thị trấn Óc Eo)

Huyện còn có 16 trường cấp 2 tương ứng với mỗi Thị Trấn và xã (trừ xã Mỹ Phú Đông).

Trường cấp 1 có mặt ở mọi địa phương, có địa phương lên tới 3 trường tiểu học.

Trường mẫu giáo có khá nhiều trên địa bàn huyện.

Ngoài ra huyện có Trường Trung Cấp nghề huyện Thoại Sơn (Thị trấn Núi Sập) và Trường dành cho trẻ em gặp khó khăn Khai Trí (Thị trấn Phú Hòa),...